Stjórn Sportkafarafélags Íslands er skipuð til eins árs í senn. Stjórnin skiptir með sér verkum og virkir félagsfólk til starfa. Stjórn ber ábyrgð á húsnæði félagsins, pressum og viðhaldi. Stjórn er kosin á aðalfundi sem er í febrúar á hverju ári.